Bộ phim được hình thành từ chủ đề "khiếm thính bẩm sinh" và "bắt nạt học đường",[39][40][50][51] phần tựa đề gợi mở đến chủ đề chính là "khiếm thính bẩm sinh" nhưng thay vào đó thì nội dung bộ phim lại tập trung nhiều hơn vào sự khó khăn trong việc kết nối cảm xúc chân thành giữa mọi người.[38][51] Dù có phần biểu lộ khác biệt so với manga nguyên tác nhưng Irino Miyu nhận xét rằng cảm giác muốn kết nối là khía cạnh quan trọng nhất của loạt manga và cũng là mục đích đặc biệt trong bộ phim.[37][38] Saito Rie, một thành viên nổi bật của cộng đồng khiếm thính tại Tokyo, hiện là nghị sĩ tại khu Kita, Tokyo nói rằng "tôi có cảm giác mãnh liệt rằng đây là một bộ phim cần được các nhà sư phạm và con trẻ xem", việc trình chiếu bộ phim không chỉ giúp thấu hiểu hơn về những người khiếm thính mà còn giảm bớt đi nạn bắt nạt. Cô cũng đáp lại rằng một số học sinh trong lớp tiểu học trước đây đã phát hiện ra giọng khó nghe của cô và gọi cô là "ailen", trải nghiệm tuổi thơ của cô không quá tệ như trong Dáng hình thanh âm và hầu hết mọi người xung quanh cô đều vô cùng tốt.[52][53] Câu chuyện là nơi mà có lẽ nhiều học sinh nhìn trông có vẻ hạnh phúc và luôn mỉm cười nhưng sự thật đằng sau đó là họ đang bị bắt nạt, đây có lẽ cũng là nơi nhiều học sinh không thể hiện điều gì trên khuôn mặt nhưng thực sự việc bắt nạt đã diễn ra dữ dội theo nhiều phương diện.[54] Warner Sharuna trên AVForums khen ngợi "giải quyết các khái niệm về bắt nạt học đường, khuyết tật cùng cuộc sống tuổi vị thành niên nói chung, Dáng hình thanh âm đưa ra cách thể hiện những chủ đề này, trong rất nhiều thứ khác, bằng một bút pháp vô cùng thấu đáo và nhạy cảm".[55] Đạo diễn Yamada Naoko cảm thấy rằng bộ phim không nên bị bó buộc theo quan điểm dành cho trẻ nhỏ mà "chủ đề đang trở nên rất phổ quát, tôi đã nghĩ đến một lượng khán giả lớn hơn",[56] đồng thời "cá nhân tôi muốn đưa ra một thông điệp về niềm hy vọng và sự chuộc lỗi".[35] Yamada Naoko nói rằng bắt nạt không phải chủ đề chính mà là phương diện giúp nhân vật phát triển khi bày tỏ "Shōya đến để mở cánh cửa cho những người khác và nhận ra rằng cậu ta không đơn độc trong thế giới này.[...] Bộ phim này không nhằm đánh giá hành động trong quá khứ của cậu bé, mà là câu chuyện về cậu bé và các nhân vật xung quanh cậu bé rèn luyện cách sống trong thế giới xung quanh họ", về vấn đề tự sát thì Yamada Naoko nói "tôi đã quyết tâm đối đầu chủ đề này theo cách toàn vẹn và đối xử với nó một cách duyên dáng. Con người chúng ta có nhiều thứ trong lòng mà những người khác sẽ không hiểu. Nó thậm chí còn khó khăn với chúng ta để hiểu chính mình. Tự sát là bằng mọi cách không phải là quyết định đúng đắn".[36]

Manga Tokyo miêu tả ngoài chủ đề "khiếm thính bẩm sinh" và "bắt nạt học đường", bộ phim cũng tập trung vào chủ đề "cảm giác cô độc" và "sự tuyệt vọng", các phân cảnh miêu tả về "bắt nạt học đường" và "cảm giác cô độc" từ bối cảnh học đường giúp thể hiện khía cạnh đen tối trong mối quan hệ giữa con người.[54] Hình ảnh những người bạn xung quanh Ishida mang một dấu X che kín khuôn mặt biểu thị cho sự xa cách lạc lõng, đồng thời tạo ra một sự đối xứng với Nishimiya Shōko khi cô có thể nhìn nhưng không thể nghe người khác, còn Ishida có thể nghe nhưng không dám nhìn mặt bạn bè.[57] Biểu tượng hình ảnh đặc biệt của chữ X trên khuôn mặt thể hiện việc bị mọi người xa lánh do Ishida khởi xướng bắt nạt trước đây, cậu đã dừng sự tương tác với họ và tự cô lập bản thân.[58] Cai Yun Kyung của Storm Media miêu tả "biểu tượng chữ 'X' là nguyên nhân làm mất đi sự nhiệt tình dành cho cuộc sống, bởi vậy mọi người xung quanh cậu chỉ là những kẻ xa lạ - những kẻ không có bất kỳ tương tác nào với cậu. Cậu nhìn thấy khuôn mặt của mỗi người nhưng không biết họ trông như thế nào, cậu nghe thấy giọng nói của từng người nhưng không biết họ nói gì.[59] Kim Hyo Eun của JoongAng Ilbo nhìn nhận "một đứa trẻ chịu nhiều tổn thương và đau khổ bị lấn át với sự tuyệt vọng sẽ làm cho cậu ta không bao giờ hồi phục lại được. Và bọn trẻ đang bị bối rối bởi vì chúng vừa yêu vừa ghét lẫn nhau. Những đứa trẻ cô độc trong một bối cảnh tươi đẹp rực rỡ. Sự kết hợp đầy nghịch lý này giúp phát huy tối đa các phân cảnh về sự cô lập của những đứa trẻ và làm khán giả buồn rầu".[60] Marsh James trên Screen Anarchy đánh giá "khuyết tật, ngược đãi, tự sát và sự chuộc lỗi là những chủ đề trong anime nổi bật của Yamada Naoko. Xoay quanh đường chéo giao nhau của hai thiếu niên đang gắng sức vật lộn - một cô gái khiếm thính tên là Nishimiya và một kẻ bắt nạt bị tẩy chay Ishida - bộ phim đã miêu tả khéo léo sự cô lập ngày càng gia tăng theo cả hai cách sáng tạo bằng khung hình và âm thanh. Tuyến nhân vật thường được phác họa từ thắt lưng xuống hoặc khuôn mặt bị làm mờ bởi nét vẽ chữ X sơ sài, giống như những nhân vật chủ chốt của chúng ta khước từ việc giao tiếp qua đôi mắt".[61] Kim Se-hyeok của Newspim viết "bộ phim tập trung nhiều vào những mối quan hệ với một ai đó, miêu tả sắc sảo về sự cô độc khi trở nên lạc lõng giữa đám đông, nỗi đau đớn hằn sâu bên trong từ hành vi quấy rối và sự mơ hồ cho lòng khoan dung. Quá trình làm bạn với những người xung quanh Shoya, người đã sống và cô lập bản thân khỏi đám đông dần đi đến một kết thúc".[62]

Joyce Michael trên Eastern Daily Press cho rằng Dáng hình thanh âm chạm tới hai chủ đề lớn của xã hội Nhật Bản là bắt nạt và tỷ lệ tự sát, bộ phim mở đầu bằng một phân cảnh tự sát hụt và phim có phần đen tối hơn so với thể loại hoạt hình Nhật mà họ vẫn sử dụng.[63] Soh Joanne của The New Paper đã miêu tả "bộ phim nổi bật với nhiều chủ đề sâu kín như bắt nạt, tình bạn, giá trị bản thân, tự sát, cô lập và sự chuộc lỗi".[64] Lee Maggie trên tạp chí Variety bình luận "chủ đề khiếm thính đã trở thành một phép ẩn dụ cho sự cô lập và những hiểu lầm, nơi có những dấu vết rạn nứt tình bạn trong một trường học khi một cô gái khiếm thính hòa nhập. Tự yêu bản thân, căm ghét bản thân, tình yêu thầm kín, khao khát được công nhận - tất cả những đặc trưng của tuổi dậy thì được gợi lên sống động bên trong các hiệu ứng vẽ tay hấp dẫn".[65] Power Kit từ The London Economic ngợi khen, "rất ít phim, kể cả hoạt hình, có một sự quan tâm chân thành với các chủ đề về tình bạn, xa cách lạc lõng, chuộc lỗi và tự yêu bản thân. Cảm giác tự sát của hai nhân vật chính được khám phá tỉ mỉ, và nó là một tiếng lòng cho tất cả các bên liên quan rằng những chủ đề này đã được thể hiện với sự chính xác".[66] Trên The Mancunion, Wong Andrew nhìn nhận "Dáng hình thanh âm nói về những điều khó khăn mà mọi người có thể đã trải qua trong suốt những năm tháng nơi trường học, tập trung vào nhiều khía cạnh của sự hối tiếc, giá trị bản thân, chuộc lỗi và học cả cách yêu thương".[67] Kotzathanasis Panos trên Asian Movie Pulse nhận xét "Yamada Naoko đã thể hiện một sự nhạy cảm và quan điểm thận trọng với một số vấn đề trong xã hội Nhật Bản đương đại, thông qua đó để miêu tả những đặc điểm người Nhật hiện nay.[...] Anime đã giải quyết tới vấn nạn bắt nạt, khái niệm kẻ bắt nạt trở thành nạn nhân bị bắt nạt, sự tàn nhẫn giữa những đứa trẻ, xu hướng tự sát, tình bạn, sự hối tiếc, lời xin lỗi, gia đình, sự tha thứ, đổi thay và mở lòng, tất cả các khía cạnh trên đã hiện diện xuyên suốt thông qua cách xây dựng một bối cảnh trưởng thành - làm nổi bật lên các khía cạnh theo những cách tốt nhất có thể".[68] Clarke Jeremy trên DMovies ca ngợi "bộ phim chính kịch Nhật Bản đột phá và sáng tạo về những đứa trẻ nơi trường học, nạn bắt nạt, sự hối hận, cô lập bản thân và căm ghét bản thân. Trên hết, nó là hoạt hình".[58] Teh Tony trên Colourless Opinions bình luận "anime này là một trong những câu chuyện trưởng thành hay nhất từ trước đến nay, thám hiểm những thách thức mà rất nhiều học sinh vẫn phải đối mặt ngày nay tại rất nhiều quốc gia - bắt nạt, khuyết tật, tình bạn, sự cô lập, hành động tự sát, nghi ngờ bản thân, tội lỗi, 'chính trị thiếu niên'. Bộ phim không chỉ thám hiểm chúng mà còn giải quyết những vấn đề xã hội thẳng thắn bằng những câu trả lời đầy thuyết phục dành cho tuyến nhân vật. Mặc dù có các chủ đề cũng như chủ thể nặng nề, bộ phim vẫn hấp dẫn xen lẫn thú vị với sự cân bằng giữa tính hài hước và một cơn sóng cảm xúc".[69] Damar Paskalis trên SINEKDOKS bình luận "Dáng hình thanh âm nắm giữ một chính kịch trưởng thành phức tạp của những hệ quả, căm ghét bản thân và sự hòa giải. Thỉnh thoảng nó do dự, thỉnh thoảng nó ngã vào trong độc thoại nội tâm; nhưng vào phần phần kết thì nó đã vượt qua cách thức khúc khuỷu với sự tinh tế và đan cài vào những phức tạp.[...] Dấu X trên khuôn mặt mọi người và camera thường bị lật nghiêng xuống giống như sự bất lực của Shoya trong việc kết nối với mọi người".[70]

Đạo diễn Yamada Naoko nói rằng "tôi cũng muốn kể một câu chuyện về tình yêu vô điều kiện của các bà mẹ, những người đã đứng cạnh họ trong mọi hoàn cảnh. Tôi cũng nói về thế giới xung quanh họ như một lãnh địa, nơi mà bạn chỉ có thể đạt được sau khi đi qua lại giữa bóng tối và ánh sáng. Thế giới giống như một nơi sâu sắc và nhẹ nhàng chấp nhận mọi thứ. Đây là những gì tôi thực sự muốn thể hiện trong bộ phim này".[71] Mintzer Jordan của The Hollywood Reporter miêu tả "một vực thẳm sâu hoắm dường như ngăn cản họ tách ra, trong khi việc hoán đổi vị thế cho nhau ở tuổi niên thiếu bị bỏ rơi, không phải để nhằm khơi gợi đến một thực tế rằng cả hai dường như không có một bóng hình một người cha nào trong cuộc đời là điều cuối cùng có thể kết nối họ lại với nhau".[72] Urrutia Cristina trên IGN viết "mối quan hệ giữa con người với nhau nhìn chung rất phức tạp. Nếu chúng ta thêm vào đó nhiều thứ khác biệt, môi trường sống và ngôn ngữ mà chúng ta đang có để hiểu một người là vô cùng khó. Koe no Katachi [Dáng hình thanh âm] không chỉ là một sự phản chiếu những điều đó, mà còn mô phỏng lại hai vấn đề quan trọng đang xảy ra bên trong xã hội của chúng ta: bắt nạt và hòa nhập với người khuyết tật.[...] Nó là một bối cảnh đầy sợ hãi, do dự và đau đớn, nơi chúng ta sợ hãi với chính bản thân chúng ta vì sự phán xét của xã hội.[...] Như bạn có thể thấy, Dáng hình thanh âm đề cập đến nhiều chủ đề khác biệt, nhưng tất cả mọi thứ lại tập trung vào việc khám phá về tình bạn chân thành cùng với khoảng cách để bạn có thể chạm tới người mà bạn yêu quý và người ở xung quanh bạn".[73] Yun Sang Min của News Culture phân tích "Dáng hình thanh âm bắt đầu với bạo lực của một người bạn, nhưng lại mở rộng câu chuyện thành một 'mối quan hệ'. Thật diệu kỳ khi bộ phim nhìn vào trái tim của cả hai [nhân vật] xuyên suốt sáu năm giữa Shoko và Shoya. Và điều mà trái tim có thể gặp nhau chính là sự nhẫn tâm của một sự thật không rõ ràng về trái tim và tình yêu".[74]

Abu trên SET News cho rằng "tác giả có lẽ muốn truyền đạt một điều gì đó về 'lắng nghe thanh âm', về 'đối thoại' cũng như việc các cuộc đối thoại tạo nên được nhiều sức mạnh hơn.[...] Ngay từ phần mở đầu của câu chuyện, việc lắng nghe là một phép ẩn dụ. Khả năng nghe bị kém đi không chỉ có Shoko, những người khác cũng đã ít nhiều thiếu vắng đi khả năng lắng nghe người khác; bởi vậy mà một chuỗi những sự kiện sau đó đã nối tiếp xảy ra".[75] Jeong Duk Hyun trên Enter Media miêu tả "bộ phim đã thể hiện rằng cách giao tiếp thực sự không thể chỉ bằng những giọng nói hoặc ánh nhìn lộ ra bên ngoài. Shoko cuối cùng đã trở thành một nạn nhân bị bắt nạt, tất cả những người bạn khác bao gồm Shoya là những thủ phạm bắt nạt. Tất cả họ dường như dấu đi những vết thương lòng cùng với phần tội lỗi của chính họ và một khoảng thời gian tuyệt vời như những người bạn, nhưng những kỷ niệm quá khứ giữa họ sẽ không bao giờ được giải quyết theo một cách như vậy".[76] Nhà phê bình phim Song Hyo Jung của Cine 21 nhìn nhận "sự phiền muộn, xu hướng tự sát, nỗi lo lắng, tin tưởng bản thân cùng cảm xúc cam chịu, hầu như kéo dài đến cuối bộ phim. Tuy nhiên, bộ phim đã dần dần cứu sống lại những mối quan hệ của nhiều người đang bị cô lập giao tiếp và nó là một cách thức của ngôn ngữ đàm thoại để diễn vai trò quan trọng tại thời điểm này. Trong tác phẩm, ngôn ngữ đàm thoại xuất phát từ ba cách: lời nói, viết (câu) và ngôn ngữ ký hiệu. Viết không thể có tác dụng trong một ngôn ngữ đàm thoại với những người không sẵn lòng đọc. Ngôn ngữ ký hiệu chỉ dành cho những người có khả năng đọc ký hiệu. 'Mình xin lỗi, mình muốn chúng ta là bạn', tôi thích nó và nó khó khăn ngay cả với tôi để truyền đạt những suy nghĩ đơn giản".[77]

Trong chuyên đề thảo luận tâm lý học tuổi vị thành niên trên Tuổi trẻ, Vĩnh Hà viết "Shoko chuyển trường, Shoya bị bạn bè xa lánh và chỉ trích.[...] Những tổn thương tâm lý xảy ra không ai lắng nghe, chia sẻ, cả gia đình và nhà trường".[78] Phim tập trung vào thể loại anime đời thường với bối cảnh học đường; sự việc bắt nạt được mô tả trong manga nguyên tác là tàn nhẫn, khó chịu, buồn nhưng đúng với hiện thực nên Dáng hình thanh âm rất nổi tiếng. Thủ pháp miêu tả tạo sự cảm thông với cả kẻ bắt nạt và nạn nhân.[50]